阴茎上长疙瘩，应该根据发生发展的具体病因治疗。如果触摸疙瘩，有红肿疼痛的症状，考虑感染性因素引起的，患者可以及时的清水清洗，将局部的阴毛剃掉，涂抹红霉素软膏或百多邦。对于症状比较严重的，可以口服抗生素，比如头孢克肟、阿莫西林胶囊等。
如果患者近期有不洁的性行为，还要排除具体的性传播疾病，比如疙瘩呈鸡冠状或分叶状，有可能是尖锐湿疣。
如果是扁平状的散在分布的，要排除传染性软疣，以及生殖器疱疹等，建议患者检查血清学实验，及局部的组织病理学检测，确定出具体疾病，再有针对性的治疗。常规对于孤立散在的疙瘩的治疗，可以局部的抗病毒软膏涂抹，或激光治疗，比如光动力。