HIV核酸检测基本准确，HIV核酸检测是借助于少量核酸序列，精确的定量的高灵敏度的检测技术，主要检测血浆或者是血清HIV-RNA水平，最常用的方法是RT-PCR法，检测每毫升血清或者血浆中HIV-RNA的拷贝数，并能可靠地检测出血浆或血清中低于40拷贝/毫升的HIV-RNA。一般来说HIV-RNA在40拷贝/毫升，使这种可信度比较大。
这种技术也容易出现假阳性，因为HIV-RNA水平受免疫系统激活状态的影响很大，在二次感染或者是免疫激活时可能会有很大的波动，所以HIV核酸检测不是诊断艾滋病的金标准，只是辅助诊断的方法，对早期诊断意义较大，对抗病毒治疗效果的评估意义较大。