人的脑干出血，原因很复杂，有诱发因素，如烟酒的嗜好，以及中老年人年龄大出现血管硬化等基础症状，还有基础病，如高血压、动脉硬化、糖尿病、高脂血症等。此病最主要的原因是高血压，即长期持续的高血压，还有血管破裂出血、动脉血管畸形、动脉瘤、血管变性病，以及治疗抗凝药物的副作用。另外，也可能是肿瘤的脑瘤性卒中，以及转移瘤等造成的脑干出血。
总之，此病有诱发因素和基础病，以及诸多的引起出血的直接原因，情况比较复杂。目前现代医学认为出血性脑血管病中发生的最急、最危险，致死率、致残率最高的就是脑干出血，应该重视。