念珠菌性龟头炎的治疗主要是应用口服药物和外用药物进行处理，在口服药物方面，目前推荐应用的是伊曲康唑胶囊和曲古霉素，而外用的洗液主要是碳酸氢钠和咪唑类的软膏，通过二者的联合应用来达到治疗念珠菌性龟头炎的目的。
念珠菌性包皮龟头炎属于感染性包皮龟头炎，感染性包皮龟头炎致病的病原微生物很多，包括白色念珠菌、支原体、衣原体、滴虫和各种细菌。不同病原微生物所引起来的包皮龟头炎，其临床表现也不尽相同，对于念珠菌性包皮龟头炎，它属于霉菌的感染，因此在药物的选择方面一般应用抗真菌制剂，无论哪一种包皮龟头炎，其治疗总的原则都是抗菌消炎、内外兼治。