在怀孕期间并不会注射乙肝疫苗，通常都是在新生儿时期或者正常成人在需要接种时再注射疫苗。乙肝的孕妇如果发现乙肝病毒复制大于10^6，首选的治疗并不是进行疫苗的注射，而是进行抗病毒治疗。抗病毒治疗口服替诺福韦，对胎儿没有太大的影响，而且可以降低乙肝病毒的复制，降低母婴传播的概率。
乙肝疫苗在孕妇没有做过相关的临床研究，因此并不建议在怀孕时注射。但生产后如果进行乙肝两对半的检测，乙肝表面抗体<10mIU/mL，可以注射乙肝疫苗，来提高机体对于乙肝病毒的抵抗能力。