甲状腺功能减退症是一组可治愈性疾病，常见于乔本甲状腺炎，乔本甲状腺炎是慢性淋巴细胞性甲状腺炎，也是自身免疫性甲状腺疾病，甲状腺组织逐渐被淋巴细胞所代替，最终发生甲状腺功能减退症。
还可见于碘-131治疗以后，核素破坏了甲状腺细胞，使得甲状腺激素的合成、分泌减少，以及有一些需要手术治疗甲状腺的疾病，比如甲亢、甲状腺癌。
手术切除了一部分甲状腺组织，造成甲状腺功能减退症，还可见于地方性甲状腺肿伴甲状腺功能减退症的患者。
发生甲减时给予左甲状腺素钠片替代治疗，一般是从小剂量开始逐渐加量，直到能够完全替代的剂量，大多数甲减的患者都是需要终身治疗的。