多系统萎缩累及锥体外系、锥体系、小脑和自主神经系统，典型症状有尿频、尿急、尿失禁、勃起功能障碍、头晕乏力、运动迟缓、强直震颤、步态不稳等。该病起病隐匿，进展较快，预后较差，可能伴有尿路感染、外伤等并发症。
一、典型症状
1、帕金森症状：MSA患者常早期出现肌张力增高，运动迟缓，多双侧同时受累，但严重程度可不一，常可表现为表情缺乏、面具脸、小字征，齿轮样肌张力增高或者铅管样肌张力增高等。而震颤少见，尤其是静止性震颤罕见；姿势步态异常常早期出现，表现为行走时躯干前冲，上肢摆动减少，容易跌倒。少数患者肌张力障碍症状表现为有吞咽困难、发音不清、鼻音重等。上述症状常进行性加重，对左旋多巴替代治疗反应常较差，仅20%～30%有效，即使有效，也常演变为左旋多巴诱导的肌运动障碍。
2、小脑性共济失调症状：常较晚出现，仅5%的患者以小脑性共济失调症状起病。常见表现包括进行性加重的步态异常，易向两侧跌倒、精细运动困难、意向性震颤、构音障碍、小脑性眼球运动受损等。
3、自主神经功能不全症状：大多数MSA患者均有不同程度的自主神经功能不全症状，可为唯一症状。其典型症状如下：
（1）泌尿生殖系统功能障碍：MSA患者常早期出现尿频、尿急、尿不尽、夜尿增多及尿失禁等排尿障碍症状，在疾病晚期常可表现为尿潴留。在男性患者中常有勃起困难，但在中老年男性中该症状常被忽视。
（2）心血管系统功能障碍：常表现为血管反射功能障碍，以直立性低血压为特征性表现,临床表现为与体位变化相关的头晕,眼花，面色苍白等不适感，严重者可出现反复的昏厥发作。
（3）其他自主神经功能障碍：MSA患者常有排汗障碍,表现为全身性无汗、少汗或夜间多汗。某些患者表现为呼吸系统症状，如鼾声、吸气性喘鸣、睡眠呼吸暂停等。
（4）睡眠障碍：睡眠障碍在MSA患者中非常常见，常表现为睡眠片段、日间过度嗜睡和快速眼动睡眠行为异常等。目前研究认为RBD是MSA患者最早的症状，从RBD的出现到运动障碍症状及自主神经症状出现，常需至少15年的病程。也有学者提出，RBD是MSA的预警征或红旗征，早期RBD的识别有助于疾病的早期诊断及预后的改善。
（5）其他自主神经功能不全症状：包括手足发冷、口干、瞳孔调节异常和便秘等。
4、其他临床表现：可表现为锥体系症状，如肢体无力、肌张力增高腱反射亢进、病理征阳性、假性延髓性麻痹等，累及脊髓时可有四肢肌萎缩、肌束震颤、下肢感觉减退、反射消失等。少数患者出现抑郁、焦虑等精神行为异常及以执行力受损为主的认知功能障碍。
二、其他症状
其他可能症状还有早期姿势异常、肢体痉挛、吞咽困难、打鼾、叹息样呼吸、声带麻痹等。部分患者还有表情淡漠、情绪低落，甚至抑郁状态，认知功能减退。