卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，子宫内膜异位症主要临床表现就包括不孕，因为内异症的患者不孕率高达40%。
引起不孕的原因比较复杂，比如盆腔微环境改变影响精卵结合及运送免疫功能异常，导致抗子宫内膜抗体增加，而破坏子宫内膜正常代谢及生理功能，卵巢功能异常，导致排卵障碍和黄体形成不良等。
此外，未破裂的卵泡黄素化综合征在内异症患者中具有较高的发病率，中、重度患者可因卵巢输卵管周围粘连，而影响受精卵的运输。