血栓取出的方法包括开刀和介入两种方法，开刀取栓往往可以采Fogarty球囊取栓导管，无论是对动脉还是静脉，采用Fogarty球囊导管在近心端切开显露血管，之后将Fogarty导管伸入到血管腔内，由远及近将血栓取出，当血栓比较局限，且肠段不是很长的情况下，也可以采用局部切开取栓术，对动脉还可以起到血栓及内膜剥脱术的好处。
目前临床上多采用介入下进行取栓术，往往采用的是介入下先溶栓后吸栓的方法，对于脑动脉的血栓，现临床上也可以经股动脉穿刺进行介入下颅内血管的取栓，因此采用哪种取栓方式要根据病变部位、血栓长度，以及是否有存在开刀或者介入手术禁忌症，由医生来决定。