滤泡性咽炎不建议做微波治疗，微波治疗会引起咽部干燥甚至咽部疼痛，所以如果有滤泡咽炎的患者，如果没有症状建议不予处理。如果有咽干、咽痒、咽部异物感的症状，需要查明原因，大部分咽部滤泡是由于胃食道反流、胃酸刺激引起的咽喉壁滤泡增生。
如果是由于胃酸反流所引起的咽腔滤泡增生，可以口服抑酸药物以及保护胃黏膜的药物，经过一段时间的调整可以有效缓解滤泡性咽炎的症状。如果是由于慢性咽炎反复发作引起的滤泡增生，可以通过饮食进行调整，避免辛辣、刺激、油腻的食物，忌烟、酒，清淡饮食，也可以有效预防滤泡咽炎的症状。