当超声检查发现肾脏明显缩小、皮质变薄，说明出现肾功能衰竭。其原因是由于慢性肾脏病的进行性发展，导致肾小球逐渐局部硬化及全球硬化，伴有明显的肾间质纤维化，以及肾小管萎缩，从而导致肾脏明显缩小，以及肾皮质变薄，引起临床上肾功能衰竭的临床表现，如尿量减少、夜尿增多、恶心、呕吐、疲乏、无力，以及心悸、气短等。实验室检查有血肌酐、尿素氮的明显增高，内生肌酐清除率的下降，同时伴随有贫血，以及继发性甲状旁腺功能亢进症等，需要进行肾脏替代治疗。
肾脏萎缩的原因还有肾动脉的狭窄，由于肾动脉狭窄后使得肾的血流量突然中断，而使肾脏出现萎缩。病情的进展过程中，也会导致肾功能衰竭，在早期可以通过支架植入改善肾脏的血液供应，而使肾脏萎缩得以缓慢缓解。