十二指肠闭锁大多数患儿孕期母亲羊水过多，主要临床症状为肠梗阻的表现。因为梗阻部位高，临床表现新生儿主要表现为呕吐、排便异常、腹胀。
一、典型症状
1、孕期母亲羊水过多：十二指肠闭锁患儿的母亲40%～60%有羊水过多史。在正常情况下，羊水被胎儿吞咽后，在小肠远端被吸收。肠道的任何梗阻均可导致异常的羊水积聚，梗阻部位越远，羊水过多的机会越少。因为有足够的胃肠道吸收羊水，同时从肾脏排泄出来。
2、新生儿呕吐：十二指肠闭锁者生后不久数小时至两天即发生，且呕吐频繁、量多、有力，有时呈喷射性。因梗阻部位多在胆总管胰管壶腹之远端，故呕吐物除胃内容物及乳汁外，常混有胆汁。呕吐剧烈者可混有血液或咖啡样物，呕吐的次数及程度进行性加剧。
3、排便异常：由于完全性梗阻，患儿无胎粪排出，偶尔少数病例可有1～2次少量胎粪，闭锁部位在十二指肠远端的病例，胎粪仅系肠道分泌物所构成，混有脱落的细胞。或排出少量灰白色大便。此胎粪较正常干燥、量少，颜色较淡，排出时间较晚。
4、腹胀：新生儿十二指肠梗阻腹胀并不显著，多数只上腹中央略有膨胀，婴儿呕吐又使胃获得减压，因此有时完全没有腹胀，胃蠕动波为更少见的症状。并发肠穿孔者，腹胀更为明显，甚至腹壁静脉清晰可见。
二、其他症状
该病部分患者还可出现剧烈或长期呕吐，以及明显的脱水、酸碱失衡及电解质紊乱、消瘦和营养不良。