结核诊断的金标准，主要是痰中发现结核杆菌或者培养时发现了结核杆菌，但75%的肺结核患者是痰菌阴性的肺结核，较难查到结核菌。
所以大多数的肺结核诊断靠临床医生的经验，主要结合患者的症状、CT的表现、支气管镜的检查、血常规、血沉、PCR基因检测、二代测序或者PPD试验等，通过综合的分析得出初步的诊断，然后进行抗结核治疗来进一步验证。在这些诊断标准当中影像学检查，如CT和胸片是诊断的重要依据。