腓骨肌萎缩症病程长，需要长期持续性治疗。目前对于腓骨肌萎缩症尚无有效治疗手段，一般通过维生素、营养神经药物修复神经功能，还可以通过手术治疗纠正足部畸形。还可以通过超短波治疗、电兴奋治疗等刺激肌肉恢复，还可以通过针灸穴位刺激患肢，部分患者还可以通过康复训练及辅助器械进行恢复。
一、一般治疗
一般治疗以改善肢体活动能力和提高生活质量为基本目标，包括力量、拉伸训练。对于维持肌力、防止肌萎缩有良好效果，可以戴合适的矫形器活动有助于提高安全性。同时嘱咐患者控制体重，避免肥胖增加运动负担。
二、药物治疗
1、维生素：对神经功能恢复及促进神经纤维再生有一定的作用，包括维生素B、维生素C、维生素E。
2、神经营养药物：如ATP、辅酶Q、神经生长因子等，对神经生长恢复有一定功效。
三、手术治疗
手术治疗原则是纠正足部畸形，重建和平衡足踝肌力，对于足踝畸形致功能障碍严重患者，可早期予手术松解或肌腱移植。对于有已形成固定畸形或畸形严重患者，应采取积极的外科手术治疗。
四、物理治疗
1、超短波治疗：频率为30~300MHZ、波长为10~1m的电流为超短波电流。主要以电容场法进行治疗，治疗时人体作为介质置于两个电容电极之间的电容场中，产生位移电流刺激患肢有助于肌肉恢复。
2、电兴奋治疗：用大剂量(患者能耐受为准)的感应电、断续直流电在患部或穴位上作短时间的通电治疗的方法，谓之电兴奋疗法。其感应电流作用人体时产生一种较强的刺激，使神经肌肉高度兴奋，从而达到刺激肌肉的目的。
五、中医治疗
主要是通过针灸穴位刺激患肢，对延缓肌肉萎缩有一定的作用。
六、其他治疗
1、康复锻炼：按摩与适当的运动可改善肌肉功能，防止挛缩的发生。
2、辅助器械：如应用下肢支架，稳定无力的踝、趾关节，防止足下垂等，也可以穿矫形鞋。适当的支具辅助，可有助于功能的维持。