腘窝囊肿的手术步骤如下：首先，在麻醉满意后采取术区的常规消毒、铺单，取该肿物的弧形切口或者S形切口切开皮肤及皮下组织，探及囊肿处并且于囊种的被膜处钝性分离，将整个囊肿分离显露出来并且将底部结扎，采取整个切除的形式，切除之后将蒂部给予缝合，防止囊局部关节液再次渗出。其次，探查看有无血管和神经的损伤，冲洗术区，彻底止血，逐层缝合，无菌敷料包扎。