唇腭裂本身是一种先天性的疾病，目前针对于唇腭裂形成的病因并没有确定的研究，一般认为同遗传因素以及妊娠前期的环境因素有一定关系。遗传因素是指唇腭裂的患者本身有明显的家族聚集性，唇腭裂患者的父母或者子女患有唇腭裂的风险要高得多，但是唇腭裂又不是遗传单一因素所导致。
因为有很多家族病史非常健康的父母，也可能生出唇腭裂的孩子，这就需要说到女性在妊娠前期，也就是怀孕前三个月的时候，如果受到了外界的刺激，包括服用致畸的药物、接受了大量的放射线，较为重要的营养元素的缺乏或者病毒的感染，甚至心理因素，这些都有可能造成唇腭裂。