椎间盘射频消融术的弊端，有以下几点：
1、射频消融术有可能不能完全切除突出的椎间盘，劳累后可能会引起腰椎间盘突出的复发。
2、射频消融术可能会损伤到局部的神经根、脊髓组织，因为射频消融术是一种微创手术，操作时如果手法不精细，就可能存在这些结构的损伤。
3、射频消融术需要进行穿刺，要是穿刺时定位而不准会引起内脏的损伤，比如肝脏、周围的脏器、脾脏等可能会引起损伤。