肛门旁脓肿即使破了还是应该行手术治疗，但是手术时机的选择需要结合患者自身症状的严重程度。如果患者脓肿破了，但是脓肿内的脓液引流并不通畅，局部仍然伴有肿痛症状应及时行手术治疗，可以行脓肿切开引流术，也可以行脓肿一次性根治术。而如果肛周脓肿破了以后，脓液流出顺畅，局部肿痛症状迅速缓解，患者可以及时手术治疗，也可以选择在三个月以后形成肛瘘后再行肛瘘根治性手术。但最终治愈的方法只有手术，所以建议患者及时去医院就诊行手术治疗。