生酮饮食的危害在于如果长时间食用生酮饮食，可以有体重不增、便秘、低血糖、胃肠道反应、酸中毒、血脂变化、胰腺炎、心肌病变等，此饮食的方法极大程度的减去了碳水化合物的摄入量，而使用大量的脂肪与蛋白质维持人体的能量需要。
生酮饮食是癫痫病人的饮食疗法，胃肠道不适应高脂肪的饮食，经常会出现呕吐、腹泻的现象。生酮饮食主要是以高脂肪、低碳水化合物，补充适量的蛋白质为主的饮食方式，不建议正常人使用此饮食方法，正常人还是应该食用碳水化合物、脂肪、蛋白质、水果比例相当的饮食方法。