凌晨三点咳嗽有以下几种情况：
一、是否存在肺结核，肺结核多在夜间和凌晨咳嗽，需要给予胸片或者胸部CT进一步排查。凌晨三点咳嗽，如果出现潮热、盗汗、痰中带血，多考虑肺结核所引起。
二、如果凌晨三点咳嗽时间比较短，伴有过敏性鼻炎、过敏性咽喉炎以及对吸烟、异味比较敏感，这时咳嗽要高度怀疑属于支气管过敏性咳嗽，不排除咳嗽变异性哮喘。
三、肺部感染的疾病，比如支气管炎、肺炎、慢性阻塞性肺疾病，咳嗽常在夜间加重，尤其是凌晨三点到五点。
因为中医认为此时辰属于寅时，由肺经所主宰，肺气容易宣发、刺激呼吸道而导致咳嗽。凌晨三点咳嗽属于时间性咳嗽，需要根据具体的疾病来做具体的治疗。