确诊新生儿甲状腺功能减退症需要检测血清TSH和T4，本病的诊断标准是新生儿出生1-4周内，TSH＞7mU/L，总T4＜6.5μg/dl。
新生儿甲状腺功能减退症一般是通过采集足跟血进行检测确诊，采集足跟血标本的时间通常是在产后的3-5天。如果采血时间过早，受新生儿TSH脉冲式分泌的影响，结果会出现假阳性。如果采血时间过晚，就会延误诊断的时间，继而影响治疗效果，所以采血时间一定要选择合适。