乙脑疫苗分为减毒活疫苗和灭活疫苗两类，减毒活疫苗共接种2次，分别在8月龄和2周岁时各接种1次。灭活疫苗共接种4次，在8月龄时接种2次，间隔7-10天，然后在2周岁和6周岁时分别各再接种1次。
灭活疫苗首次接种时不良反应很少，但在复种时，会有荨麻疹、头晕等不良反应。减毒活疫苗不良反应相对发生率要低，主要表现为局部接种部位的硬结和发热等全身症状，目前接种减毒活疫苗相对较多。