醒来嘴巴发苦的症状，主要考虑是胃部疾病所引起，常见病症类型有浅表性胃炎、幽门螺杆菌感染、胃窦癌等。因为胃部受到病原体感染或肿瘤细胞侵袭下，会导致其表层黏膜以及内部组织，出现溃疡、糜烂、出血等症状。
人体睡眠阶段，胃酸液浓度上高，病患处受到持续刺激作用下，会诱发平滑肌发生收缩痉挛，并引起反射性反流的情况。
口腔、食管等局部组织受到酸性液高渗透作用下，会导致患者醒后出现胃脘胀痛、恶心、呕吐、嘴巴发苦等症状表现。
但也不排除患者出现口腔炎、糖尿病、高血压等其他系统性疾病的可能性。具体病因需要到医院接受系列检查后，才能进行确诊治疗。