单心室畸形是一种先天性疾病，是由多种原因导致的胚胎发育异常，比如接触射线，如行X线检查或长期从事医院介入、影像检查等工作，导致基因突变；或者口服了致畸药物，临床很多药物多有致畸作用，如常见的有孕妇感冒后口服的四环素、阿莫西林等抗生素；营养不良如贫血、长期缺乏营养，会引起体内必需的营养物质不足，如叶酸、铁剂、氨基酸及一些微量元素缺乏，从而导致胚胎发育异常。如果孕妇患有感染、免疫性疾病时，细菌、病毒会通过母婴屏障进入胎儿体内，或患有免疫疾病形成特殊抗体进入胎儿体内，会导致胎儿发育异常。此外，发热时体温升高也会影响胚胎发育，都可能导致单心室畸形。