口腔溃疡刚出现时比较疼痛，在第3-5天时黏膜上皮生长，覆盖黏膜下层的神经之后，对外界刺激敏感度减弱就不怎么疼了。
口腔溃疡对口腔黏膜的损伤较重，使口腔黏膜破溃很明显，此时口腔黏膜下层的神经系统暴露，在受到外界的冷热刺激或机械刺激时就会非常敏感，神经感受器会将这种刺激和疼痛传达到中枢神经系统，从而表现出口腔溃疡的疼痛难忍。口腔溃疡要特别注意给予相应的外用药物进行修复，如康复新液口腔溃疡散或重组牛碱性细胞生长因子凝胶，这些药物可以促进口腔黏膜上皮的愈合。
口腔溃疡的患者应该避免使用含有十二烷基硫酸钠（月桂基硫酸钠）成分的牙膏，以免刺激口腔黏膜，同时需要每年至少进行一次口腔健康检查。