解脲支原体感染首选的治疗药物是大环内酯类的抗生素，比如罗红霉素、克拉霉素、阿奇霉素、大观霉素等。
再结合具有清热解毒作用的中成药使用，缓解患者尿道口灼热、疼痛的症状，比如三金片、热淋清颗粒、金银花颗粒等效果都是不错的。
解脲支原体感染对男性的精子还可能会造成影响，导致精子活力下降、畸形率升高、数量减少，通过精液常规分析确诊后需要选择生精的药物，比如左卡尼汀口服液、葡萄糖酸锌口服液、生精片等药物来提高精子的质量。
药物治疗期间要嘱咐患者多饮水，通过勤排尿也可以减轻感染，还可以减轻药物带来的副作用。