肠炎主穴选择神阙、天枢、大肠俞、上巨虚、阴陵泉，配穴选择寒湿困脾加关元穴、水分穴，肠道湿热加内庭、曲池，食滞胃肠加中脘、建里，脾胃虚弱加脾俞、胃俞，肝气郁滞加肝俞、太冲，肾阳亏虚加命门、肾俞。
慢性肠炎者加脾俞、足三里，久泄需陷加百会穴，有明显精神心理症状者加内关穴和神门穴，溃疡性结肠炎泻下脓血加曲池、合谷、三阴交、内庭。操作寒湿困脾、脾胃虚弱及肾阳亏虚者，可用隔附子饼灸，神阙穴用隔盐灸或者隔姜灸，急性肠炎针灸治疗每日两次。