男士生殖器官疼痛原因比较多，处理的方法主要包括以下几个方面：
第一、建议到当地正规医院进行详细的检查明确诊断，然后进行针对性的处理。
第二、如果是包皮龟头炎造成的，需要选择合适的抗生素进行抗菌、消炎治疗。
第三、如果是过敏造成的，需要清除过敏原，然后选择抗过敏药物，如西替利嗪等进行处理。
第四、如果是外伤或者系带撕裂等造成的，需要到医院的急诊科进行加压、包扎或者清创、缝合。
无论哪一种情况形成的疼痛，只要处理是正规、合理的，大多数可以在短时间内好转、治愈。