引起肾功能损伤的原因需要根据肾功能损伤发病的急缓来进行区分，肾功能损伤分为急性肾功能损伤和慢性肾功能损伤。引起急性肾功能损伤的原因有肾前性、肾性和肾后性。
肾前性常常由于大量脱水，或者失血造成的血容量不足而使肾脏灌注不足出现。肾性原因常见有肾小球的原因、肾间质的原因和肾小管原因，往往是由于某些毒物、药物或者某些原因造成的机体损害，而出现的急性肾损伤。肾后性原因常见是由结石、肿瘤，或者先天性的发育不良造成的肾脏积水，而造成的肾后性的急性肾损伤。
当去除了造成急性肾损伤的原因以后，急性肾损伤绝大多数可以恢复正常。慢性肾损伤绝大多数由于肾脏本身原因，或者某些机体系统性疾病造成的，例如肾小球肾炎造成的慢性肾损伤、糖尿病或者高血压造成慢性肾损伤，都可以使肾损伤持续地存在，只有控制好了原发性疾病，才能使肾损伤减慢发展，甚至发生一部分逆转。