胃镜和食管镜检查的主要区别如下：
一、检查部位不同，胃镜检查主要是针对胃壁黏膜以及附属组织进行病理化检查方式，食管镜是对患者食管侧壁以及内部组织进行直观内创式检查方式，胃镜相对于食管镜检查而言，其组织插入程度会更为深入；
二、检查范围不同，胃镜检查是需要到消化道科进行就诊检查，其常用医疗器具为纤细柔软的纤维内窥镜进行观察，食管镜要到耳鼻咽喉科使用纤维鼻咽喉镜、支气管镜等医疗器具进行检查。
三、术后反应，因为胃镜相对于食管镜而言，其插入深度更深，对器官组织的刺激影响更大，受检者接受完胃镜检查后，其不良症状反应会更为明显，如胃脘胀痛、恶心、呕吐、反酸、烧心等。