药物治疗是结核病治疗的基石，相比其他类型细菌感染，肺结核治疗可能需要更长的时间。对于活动性肺结核，需服用抗结核药物至少6-9个月，具体药物和治疗时间还取决于患者年龄、整体健康状况、耐药情况等。药物治疗肺结核是最主要的基本手段，目的不仅是杀菌和防止耐药性的产生，还包括最终的灭菌，防止和杜绝复发。
肺结核化学治疗原则是早期、规律、全程、适量、联合治疗，常用药物包括异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇等。此外治疗过程当中还应该实施全程督导化学治疗管理策略，全程督导化学管理策略是指肺结核患者在治疗过程当中，每次用药都必须在医务人员和经培训的家属、督导员直接监督下进行。