太阳穴胀痛有以下原因：
一、头颅本身的病变，包括颅内脑组织和脑血管的病变，建议行头颅核磁共振检查、头颅血管核磁共振检查、脑血流图检查，必要时可以行CTA检查，排除颅内器质性病变导致的太阳穴胀痛。
二、颈椎病、颈椎小关节病变、颈椎曲度改变、颈间盘突出退变、以及颈肩部软组织损害，刺激压迫颈神经产生颈源性头痛，而表现为太阳穴胀痛。需要行颈椎核磁共振检查以及颈部血管超声检查，排除延髓梗死等器质性病便后，进行干预性、诊断性治疗。
另外，人长时间连续用脑后太阳穴会出现胀痛，是大脑疲劳的信号，在持续较久或强度过大的脑力劳动过程中，脑细胞代谢产生的自由基、乳酸等许多有害物质，大量淤积阻塞了大脑的营养通道，造成血氧含量降低、血液循环不畅。在脑部营养和能量极度消耗的同时，又阻碍了营养物质的有效吸收和利用，最终导致大脑皮质与大脑边缘系统和间脑之间的平衡关系遭到损害，脑细胞活力受到抑制，出现信息流的增大和紊乱等，造成慢性疲劳综合征而表现为太阳穴胀痛。