患者跑完步膝盖疼，可能的原因如下：
1、膝盖的损伤：很有可能是由于跑步的过程中导致的膝盖损伤，一般多见于膝关节的半月板损伤，这种情况要根据医院的查体和辅助检查，比如膝关节的磁共振检查，明确一下损伤的类型，如果是Ⅲ度以上的损伤，要进行手术治疗。
2、髌骨软化症：多见于中青年的患者，主要是由于先天性髌骨结构匹配不良，或者出现肌肉的力量不平衡所导致关节软骨磨损。
这些都要去医院进行相关的查体，明确一下诊断，进行鉴别诊断，才能够对症的进行治疗。