藿香正气水并不用于灰指甲的治疗。灰指甲是由真菌感染了甲板以及甲下组织，而导致的一种常见的真菌性疾病。在临床当中，灰指甲确实是一种比较难治疗的疾病，但灰指甲目前也有了可以不错的杀灭真菌的药物可以选择。像常用的外用药物有阿莫罗芬、环吡酮、碘酊、噻康唑溶液，而口服的像有环吡酮、氟康唑，还有特比萘芬。藿香正气水并不能够有效的杀灭真菌，藿香正气水当中含有比较多的酒精，但它的酒精含量并不能够透过病甲来发挥有效的杀灭真菌作用。而且它其中的所含有的中药成分，是具有像清热、祛暑、利湿之类的作用，也对杀灭真菌并没有明显的效果。