肛门的细菌感染，如果是经验用药，大多数选择头孢类的加厌氧菌对症治疗，或者青霉素类加种厌氧菌对症治疗。建议还是做细菌培养加药敏试验，选取敏感的抗生素及时对症治疗。
如果肛门出现了细菌感染，还需要进一步评判引起细菌感染的原因，再针对性的使用消炎的药物。同时由于感染可能会造成发热，发热又造成全身的明显消耗，还需要使用一些营养支持的药物对症治疗。如果发现肛门的细菌感染，建议及时到正规的专科医院系统的检查，明确诊断，以及做细菌培养加药敏试验，明确是什么细菌感染，再根据不同的细菌采取相对应的治疗措施。