引起先天性胆总管囊状扩张的病因比较复杂，主要考虑的学说包括胆管上皮异常增殖、胰胆管合流异常、遗传学因素、胃肠道神经内分泌的因素。另外，包括妊娠期的胆管炎症、病毒感染，都有可能会导致出现先天性胆总管囊状扩张，也可能是多病因共同作用的结果，目前的学说主要有以下几方面：
一、胆管梗阻学说：主要是因为胆总管出口比较狭窄，出口狭窄就会引起胆管内的压力增高，压力增高可导致胆总管的囊状扩张，从而引起该疾病。
二、胰胆管合流异常：在下方胆管和胰管有一个共同通道，如果该共同通道比较长，容易引起胰液和胆汁逆流，也容易导致出现胆管扩张。
三、肝憩室发生：十二指肠乳头是其发生部位，十二指肠乳头发生了早期的肝憩室，就容易导致胰胆合流异常，胆总管会受到牵拉变长，进而管壁变薄，远端狭窄发生，逐渐胆汁流出受阻，从而在压力增大的情况下引起囊状扩张。