接种甲肝减毒疫苗时，少部分人会出现不良反应，包括发热。如果患者体温不高，一般不需要特殊治疗，发热常在接种疫苗之后的24小时内出现，1-3天之后就可以自然消退，通常以低热为主，除了发热以外，有时还会出现厌食、恶心的症状。患者有时还会出现局部注射部位的不良反应，如红肿、瘙痒、硬结等。
甲肝疫苗目前有两种，包括灭活疫苗、减毒疫苗，接种减毒疫苗出现不良反应的几率要比灭活疫苗高。两种疫苗因为制作的原理不同，所以安全性和稳定性的差异也比较大。减毒疫苗接种一针就可以，灭活疫苗需要接种两支，两支间隔应该是六个月的时间。灭活疫苗也称为死疫苗，减毒疫苗称为活疫苗，针对灭活疫苗，减毒疫苗一般反应迅速，免疫力增强，针对减毒疫苗，灭活疫苗更安全，稳定性更好。