三个月宝宝睡觉一惊一惊的原因，常见以下几个方面：
第一、中枢神经系统的原因：注意对于三个月的宝宝来说，中枢神经系统还没有完全发育成熟，惊跳反射仍然存在，当孩子睡觉的时候，冷热空气变化、光线变化以及有声响时，都会出现惊跳反射。一般随着孩子月龄增加，神经系统逐渐发育成熟之后，惊跳反射会逐渐减少和消失。
第二、缺乏维生素D或者钙：可以导致大脑皮层兴奋性增高，这种情况睡觉时也会出现一惊一惊的现象，同时还会伴有多汗、枕秃、方颅、夜间睡眠不安稳、入睡困难或者频繁哭闹等症状。当积极补充维生素D和钙之后，睡觉一惊一惊的现象会逐渐减少和消失。
第三、其他原因：有一部分孩子在受到惊吓之后，睡觉时也会出现一惊一惊的现象。