胃镜跟肠镜的检查往往都是分开的，胃镜的检查都是通过口腔、咽喉部，观察食道、胃以及过了幽门观察十二指肠跟球部。胃镜检查之前建议应该禁食6-8h，检查当天患者左侧卧位，然后内镜通过口腔进入。目前来说胃镜的检查分为普通跟无痛，所谓无痛就是在普通的基础上给予静脉麻醉药，使患者处于一种无意识状态下完成。
肠镜的检查跟胃镜有相同之处，也就是之前都要禁食，但是肠镜在禁食的基础上还要服用泻药并且大量喝水，帮助肠道排空，这样子做肠镜的时候才没有粪便的储留，才不会因为粪便掩盖而漏掉了一些疾病。做肠镜主要是镜子从肛门进入，循腔进镜可以依次观察直肠、降结肠、横结肠、升结肠以及回盲部。最后观察回肠末端，从而完成整个结肠的观察。结肠镜同样也可以分为普通跟无痛，无痛也是通过静脉输入短效的麻醉药，使患者处于一种无意识状态而完成的检查。