自体干细胞移植比较安全，其痛苦相当于做超大剂量的化疗，会有比较强的胃肠道反应，恶心、呕吐、腹泻等反应。之后有两周左右的骨髓抑制期，全血细胞减少，甚至有一些病人合并感染、发烧，但是其安全性非常高，国外自体移植可做到75岁以上，其死亡率不超过5%。国内大多数都在65岁以下，因此安全性更高，因此这种痛苦是在人体可以承受的范围内。自体骨髓移植虽然会有一定痛苦，但对于治疗淋巴瘤、多发性骨髓瘤及急性白血病等疾病是有一定帮助的。是可以延长生存的，病情稳定五年没有出现复发后，疾病甚至可以达到痊愈。