肝糖原和肌糖原主要的区别是其存在的部位。肝糖原主要存在于肝脏中，其作用与血糖的水平明显相关。当摄入食物血糖偏高时，会储存成糖原并进入肝脏储存。如果血糖过低，糖原又会分解成血糖，进而补充人体消耗。
肌糖原是在肌肉剧烈运动以后，会分解产生乳酸。乳酸经过相应的循环系统进入肝脏，并且分解糖原产生葡萄糖，给肌肉提供相应的能量。
所以肝糖原是作用于全身，而肌糖原仅仅是作用于肌肉本身。并且肝糖原和肌糖原合成的原料不同，其中肝糖原主要是由单糖或者非糖物质经过合成而成，而肌糖原主要就是由葡萄糖来进行相应的合成。