菌阴肺结核是指痰培养当中未查到结核分枝杆菌，可通过痰培养培养结核分枝杆菌，或者痰涂片查抗酸杆菌。如果以上两项都是阴性，通常说明是痰菌阴性肺结核。
痰菌阴性肺结核主要是非活动性肺结核，或者结核分枝杆菌潜伏感染者。此种情况没有传染性，一般只有痰菌阳性肺结核才具有传染性。痰菌阳性肺结核，可以通过咳嗽、打喷嚏、大声说话、大笑等，将结核分枝杆菌微滴播散到空气当中，在空气当中可以存留数小时，被他人吸入之后容易造成感染，或者痰菌阳性肺结核患者，痰液当中会存在大量结核分枝杆菌，也是造成传播的一个重要因素。