伪膜性结肠炎最主要的症状就是腹泻，腹泻的程度和次数不一，轻者每天大便次数在2-3次，停止使用抗生素后病情治愈。严重的患者可见大量的水样便，每天排便次数在30次以上。部分患者可排除斑块状伪膜，常常伴有腹痛，腹痛部位多在下腹部，呈钝痛、胀痛或者腹部痉挛性疼痛，也可以伴有腹胀、恶心、呕吐、发热等不适症状。
伪膜性结肠炎患者查体可表现为腹肌紧张，腹部有压痛，肠鸣音减弱，重症及暴发型患者可出现水和电解质紊乱、低蛋白血症、中毒性休克、低血容量性休克，表现为心率增快、血压下降、呼吸急促。