由于儿童孤独症属于广泛性发育障碍，症状涉及精神活动的各个方面，在表现孤独症主要症状的同时，还可能伴有智力发育低下、情绪不稳、易激惹、多动、自伤行为、攻击行为等。因此，应运用多种方法，如中西医药物治疗、教育训练、行为治疗等对患儿进行治疗。
一、药物治疗
常用的药物有哌醋甲酯、普萘洛尔或可乐定、纳洛酮等。药物治疗无法改变孤独症的病程，只能缓解症状，可以消除患者的精神症状，有利于保护患者自身或他人的安全，有利于实施教育训练及心理治疗。
二、其他治疗
1、教育与训练：这是最主要、最有效的治疗方法，目标是促进患者语言发育、提高社会交往能力、掌握基本的生活技能和学习技能。
2、提供安全、舒适的环境：要有专人来照顾患者，与患者建立亲密的关系，让患者参加集体游戏时扮演不同角色，逐渐学会如何与人进行正常交往，完成日常活动。指导患者母亲要像对待正常儿童一样不断的同他说话，多拥抱、亲吻，多给予感情上的刺激，要有耐心，坚持不懈的进行感情交往训练。
3、训练语言表达能力，改善患者的社交障碍：利用情景或利用患者提出要求时进行语言训练，使患者在满足某种要求时，能用语言表达自己的愿望。训练中要反复示范，并及时给予鼓励，如赞扬、亲吻、拥抱、给糖果等。
4、训练生活能力：训练计划的内容应具体、明确，由简单到复杂，措施要具有可行性、针对性、时间性，分小动作进行，循序渐进，在每完成一个动作后要立即给予鼓励。