环磷酰胺在肾脏内科治疗免疫系统的疾病，例如肾小球肾炎，系统性红斑狼疮造成的肾脏损害，以及其他疾病。应用环磷酰胺的时候需要注意，可以引起一些副作用。最常见的也就是最多发的，就是消化系统的异常，例如恶心、呕吐，胃肠道的不适，摄入任何食物都可以出现恶心、呕吐的情况，所以说应用环磷酰胺的时候，需要口服或者静脉止吐药物或者保护胃黏膜的药物。
环磷酰胺最多见的是消化系统的异常，但是最重要的可能是骨髓抑制。可以造成血中白细胞的降低，红细胞的降低以及血小板的降低，抑制骨髓的生成是主要的副作用。所以说只要发生了血中各种细胞的异常，需要停止应用环磷酰胺。环磷酰胺也可以造成脱发，这种脱发和其他药物是不一样的，应用了以后可以出现，当停止了以后脱发可能得到明显的缓解。
环磷酰胺应用以后可以造成血尿的发生，因为代谢产物对于膀胱黏膜是个刺激，所以需要多喝水，排除药物代谢产物对膀胱的刺激。而且需要在上午应用，不要在下午或者晚上用环磷酰胺，因为下午或者晚上用环磷酰，容易造成含有这些产物的尿液在膀胱中潴留过长的时间，对膀胱黏膜造成刺激。