新生儿甲减症状往往不典型，最常见的就是脐带延迟脱落、皮肤粗糙甚至出现脐疝，常见的一些临床表现，如新生儿出现身高偏低、便秘、少哭、嗜睡、不思饮食、喂养困难、呛奶、腹胀、生理性黄疸严重等，查甲状腺激素水平呈不同程度的下降，促甲状腺激素水平升高。
目前在我国县以上的医院都进行新生儿足跟验血，能尽早发现新生儿甲减并给予及时地治疗。这种情况发生的已经很少了，如果不能进行新生儿足跟采血要注意新生儿甲减的可能性，尤其是母亲患有甲减的患者更应该提高警惕。