二硫化硒一般没有明显的或者是严重的副作用，二硫化硒洗剂有抑制真菌、减少油脂分泌的作用，所以在临床上主要用于脂溢性皮炎洗头或者是花斑癣这种真菌感染的治疗。
它的不良反应非常少，有可能会对局部的皮肤造成一定的刺激，产生接触性皮炎。另外，用它洗头以后，头发和头皮比较容易干燥、粗糙，不像一般的洗发水洗完以后润滑，还有个别的报道说它有引起头发脱色的不良反应。
所以，用了二硫化硒洗剂以后，一定要用水冲洗干净，避免在头发、头皮上长期的存留，引起不良反应。