碳酸钙和牡蛎钙的区别主要是牡蛎钙当中含有磷酸钙和碳酸钙，而碳酸钙本身只含有一种成分，碳酸钙的含钙量比较多。牡蛎钙当中相对来说含钙量比较少，从吸收的角度来说两个一样，而且对胃肠道的刺激也一样。对胃酸、胃肠道有疾病的人，比如胃和十二指肠溃疡的病人，还有肠道功能障碍便秘的病人，不建议二者使用。
二者都是无机酸盐钙，相对于第二代的有机酸钙，临床上没有特别大的优势，有机酸钙能够促进钙质的全部吸收，而且生物利用度非常高，对全身的肌肉、骨骼，以及胃肠道都有很好的作用，并不会增加负荷。对胃肠道有病的病人，比如胃、十二指肠溃疡或者有便秘病人，都可以放心服用，并不增加胃肠道的负担。