脚趾甲发臭多数考虑甲床有细菌感染引起，如果出现外伤或挤压导致甲床损伤，没有及时进行清创处理，致使甲床部位出现感染，脚趾甲会出现有臭味、脓性分泌物、触摸，或按压有疼痛、肿胀等。甲癣患者如果平时护理不到位，甲床也容易合并细菌感染，引起指甲发臭、甲床和指甲分离、有脓性分泌等。有甲沟炎的患者，甲沟局部出现红肿，形成脓液时也会出现脚趾发臭的情况。
甲床被细菌感染后，建议将指甲拔掉，先用双氧水进行甲床部位彻底的清创处理，再用碘伏进行消毒，使用莫匹罗星进行局部的涂抹，最后进行包扎处理，按时到医院换药即可，症状严重者建议配合口服阿莫西林胶囊和替硝唑片进行治疗。