服用左甲状腺素钠对身体的副作用是主要影响骨骼和心脏，左甲状腺素钠可以让心脏活动加强，让心脏收缩加快，心肌收缩力增加。如果已经存在着心脑血管疾病，会进一步的加重心脑血管疾病的病情。如果已经存在心脏供血不足的危险因素，有可能会诱发心脑血管疾病。如果左甲状腺素钠过量使用，有可能对骨骼健康产生影响。
左甲状腺素钠影响骨骼的代谢，可以使骨转换增加，破骨细胞活性大于成骨细胞，造成骨量流失，可以导致继发性的骨质疏松症，增加骨折的机会。应该在医生的指导下根据病情的严重程度，同时要测定甲状腺激素的水平，帮助调整左甲状腺素的剂量。如果使用剂量合适，不会对身体造成损伤。